Pagrindinė įmonės veikla yra orientuota į valstybės specialiųjų įpareigojimų vykdymą ir vykdoma sąnaudų kompensavimo principu – dotuojama Europos Sąjungos bei Lietuvos Respublikos biudžeto lėšomis. Papildomi finansavimo šaltiniai atskiriems projektams įgyvendinti – Europos ekonominės erdvės ir Norvegijos finansinio mechanizmas bei Europos Sąjungos struktūrinių fondų Sanglaudos fondas.
Prognozuojama Ignalinos atominės jėgainės eksploatavimo nutraukimo kaina yra 3,3 mlrd. eurų (įskaitant rizikas ir infliaciją) ir apima visus finansavimo šaltinius – tiek ES paramą, tiek Lietuvos skiriamą dalį. LR Vyriausybė yra įsipareigojusi skirti ne mažiau kaip 14 % lėšų, reikalingų jėgainės eksploatavimo nutraukimui. Nuo 2000 m. iki 2024 m. pabaigos jėgainės eksploatavimo nutraukimui panaudota 1 583,5 mln. eurų.

